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內(nèi)容導(dǎo)航：1、查看conda源：Anaconda詳細(xì)教程2、查看conda源，如何用conda查看鏡像源

1、查看conda源：Anaconda詳細(xì)教程

Anaconda介紹、安裝及使用教程

前言

Python是一種面向?qū)ο蟮慕忉屝陀?jì)算機(jī)程序設(shè)計(jì)語言，具有跨平臺(tái)的特點(diǎn)，可以在Linux、macOS以及Windows系統(tǒng)中搭建環(huán)境并使用，其編寫的代碼在不同平臺(tái)上運(yùn)行時(shí)，幾乎不需要做較大的改動(dòng)就能運(yùn)行。

Python的應(yīng)用遍及人工智能、科學(xué)計(jì)算、Web開發(fā)、系統(tǒng)運(yùn)維、大數(shù)據(jù)及云計(jì)算、金融、游戲開發(fā)等，具有數(shù)量龐大且功能相對完善的標(biāo)準(zhǔn)庫和第三方庫。

一、Anaconda

1、簡介

Anaconda是大型的科學(xué)計(jì)算平臺(tái)，是Python集成開發(fā)環(huán)境，包含了大量的科學(xué)包，能夠方便快捷的對程序包進(jìn)行管理和部署。

2、特點(diǎn)

安裝簡單包含了數(shù)百個(gè)科學(xué)模塊，高效運(yùn)用于各種項(xiàng)目免費(fèi)社區(qū)支持Anaconda 是跨平臺(tái)的，有 Windows、macOS、Linux 版本支持多種語言：Python、R、Java等

3、包管理工具——conda

3.1 升級(jí)

升級(jí)Anaconda需要先升級(jí)conda

condaupdatecondacondaupdateanacondacondaupdateanaconda-navigator#最新版本的anaconda-navigator

3.2 卸載

Linux、Mac 刪除安裝路徑

rm-rfanaconda

3.3 基本命令

conda--version#查看conda版本condaupdate-nbaseconda#update最新版本的condacondacreate-nxxxx#創(chuàng)建名為xxxx的虛擬環(huán)境condacreate-nxxxxpython=3.5#創(chuàng)建包含python3.5的名為xxxx的虛擬環(huán)境condaremove-nxxxx--all#刪除名為xxxx的虛擬環(huán)境condaactivatexxxx#進(jìn)入xxxx環(huán)境sourceactivatexxxxcondadeactivate#退出環(huán)境sourceactivatecondaenvlist#顯示所有的虛擬環(huán)境condainfo--envs#查看當(dāng)前環(huán)境condaclean-p#刪除沒有用的包c(diǎn)ondaclean-t#tar打包c(diǎn)ondaclean-y-all#刪除所有的安裝包及cache

3.4 對包的操作

condalist#查看所有已經(jīng)安裝的包c(diǎn)ondalist-nxxxx#指定查看xxxx虛擬環(huán)境下安裝的packagecondainstall-nxxxxxxx#在指定環(huán)境中安裝xxx包c(diǎn)ondaupdatexxx#更新包xxxcondauninstallxxx#卸載包xxx

3.5 鏡像源

condaconfig--show#查看已經(jīng)安裝過的鏡像源condaconfig--removechannelsurl#刪除url源condaconfig--addchannels#添加url源condaconfig--setshow_channel_urlsyes#從channel中安裝包時(shí)顯示channel的url

修改配置文件 ~/.condarc

channels:-https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/-https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/-https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/-defaultsshow_channel_urls:true

查看是否生效

condainfo

4、pip

4.1 基本命令

pip--version#查看版本pip--help#獲取幫助pipinstall-Upip#升級(jí)pippipinstallpkg#安裝包pipinstallpkg=version#安裝指定版本的包pipinstall--upgradepkg#升級(jí)包pipuninstallpkg#卸載包pipsearchpkg#搜索包pipshow#顯示安裝包信息pipshow-fpkg#查看指定包的詳細(xì)信息piplist#列出已安裝的包piplist-o#查看可升級(jí)的包

4、2 升級(jí)

Linux、Mac

pipinstall--upgradepip

windows

python-mpipinstall-Upip

4、3 鏡像源

臨時(shí)使用清華源

pipinstall-ihttps://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplesome-package

永久修改

Linux、Mac：~/.pip/pip.conf

windows：C:\Users\xx\pip\pip.ini

[global]index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple# 阿里云 http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ #?中國科技大學(xué) https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/ #?豆瓣(douban) http://pypi.douban.com/simple/ #?清華大學(xué) https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/ #?中國科學(xué)技術(shù)大學(xué) http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/[install]trusted-host = mirrors.aliyun.com

二、安裝

官網(wǎng)地址：https://www.anaconda.com/

1、Windows

安裝時(shí)一般默認(rèn)就行，在Advanced Installation Options這一步，不要勾選Add Anaconda to my PATH environment variable

2、Linux

命令行安裝

bash~/Downloads/Anaconda3-5.0.1-MacOSX-x86_64.sh安裝過程中，出現(xiàn)提示Press Enter to confirm the location, Press CTRL-C to cancel the installation or specify an alternate installation directory.如果接受默認(rèn)安裝路徑，則會(huì)顯示 PREFIX=/home/<user>/anaconda<2 or 3> 并且繼續(xù)安裝。出現(xiàn)提示Do you wish the installer to prepend the Anaconda install location to PATH in your /home/<user>/.bash_profile ?建議輸入yes。

3、Mac

前面直接下一步

在這，可以點(diǎn)擊Change Install Location來改變安裝位置。

完成！

點(diǎn)擊Anaconda-Navigator的圖標(biāo)，打開

啟動(dòng)成功，說明安裝完成。

三、jupyter

1、notebook環(huán)境配置

1.1、Windows

打開控制面板->系統(tǒng)->高級(jí)系統(tǒng)設(shè)置->環(huán)境變量，選中系統(tǒng)變量中的path進(jìn)行添加

在Anaconda安裝位置下的的Script目錄及Library\bin目錄復(fù)制進(jìn)去，如

2、配置

2.1、生成配置文件

jupyternotebook--generate-config

2.2、設(shè)置密碼

jupyternotebookpassword#這步設(shè)置的密碼用于瀏覽器訪問時(shí)輸入

2.3、修改配置文件

Windows

C:\Users\Administrator\.jupyter\jupyter_notebook_config.py

Linux、Mac

vim~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

#前面的#去掉c.NotebookApp.ip='*'#開啟所有的IP訪問，即可使用遠(yuǎn)程訪問c.NotebookApp.open_browser=False#關(guān)閉啟動(dòng)后的自動(dòng)開啟瀏覽器c.NotebookApp.port=8888#設(shè)置端口8888，也可用其他的，比如1080，8080等等c.NotebookApp.notebook_dir=’‘#設(shè)置notebook默認(rèn)打開的目錄c.PAMAuthenticator.encoding='utf8'#指定utf-8編碼，解決讀取中文路徑或者文件亂碼問題

2.4、啟動(dòng)notebook

jupyternotebook#啟動(dòng)notebookjupyterlab#啟動(dòng)lab

2.5 遠(yuǎn)程登錄

啟動(dòng)notebook之后在瀏覽器中輸入啟動(dòng)是打印的網(wǎng)址或者：

localhost:port/tree#進(jìn)入jupyternotebooklocalhost:port/lab#進(jìn)入jupyterlab

jupyter在服務(wù)器服務(wù)器，想在本地瀏覽器訪問時(shí)，需要在終端輸入命令

ssh-N-Llocalhost:7777:login-0-0.local:12315dengxsh4490@10.100.2.10

注：localhost:7777指定本地瀏覽器需要輸入的地址，login-0-0.local:12315代表服務(wù)器運(yùn)行jupyter時(shí)打印的輸出信息中的地址

3、jupyter kernel

3.1 擴(kuò)展 R kernel

install.package('IRkernel')#displayname指定jupyter中顯示的名字IRkernel::installspec(name='ir32',displayname='R3.2')

3.2 查看kernel

jupyterkernelspeclist

3.3 卸載指定kernel

jupyterkernelspecremovekernel_name

四、jupyter 插件

1、jupyter notebook 插件

1.1、安裝并激活 jupyter_contrib_nbextensions

pipinstalljupyter_contrib_nbextensionsjupytercontribnbextensioninstall--user

1.2、 安裝并啟用 Jupyter Nbextensions Configurator

pipinstalljupyter_nbextensions_configuratorjupyternbextensions_configuratorenable--user

1.3、conda安裝的方式

condainstall-cconda-forgejupyter_contrib_nbextensionscondainstall-cconda-forgejupyter_nbextensions_configurator

可替代1.1和1.2

完成后，在啟動(dòng) jupyter notebook后可在瀏覽器菜單欄中多了一欄

選中想要的插件即可添加

1.4、插件選擇

Variable Inspector：這是一個(gè)查看變量的插件

Table of Contents：自動(dòng)生成目錄插件

Table of Contents：自動(dòng)生成目錄插件

Codefolding：代碼折疊

Autopep8：自動(dòng)代碼格式優(yōu)化

AutoSaveTime：控制腳本的自動(dòng)保存時(shí)間

Hide Input All： 隱藏所有的代碼單元，保持所有的輸出和 markdown 單元可見

Spellchecker： 對 markdown 單元中的內(nèi)容進(jìn)行拼寫檢查

插件很多，可根據(jù)需要添加

2、jupyter lab插件

點(diǎn)擊菜單欄Settings下拉框中的Advanced Settings Editor選項(xiàng)，進(jìn)入設(shè)置頁面

接著，點(diǎn)擊Extension Manager，并且在右邊的空白框里填上{'enabled':true}，并且按右上角的保存按鈕。

最后，你會(huì)看到Lab右邊會(huì)出現(xiàn)插件欄的按鈕，我已經(jīng)安裝過一些插件

介紹幾款好用的插件

注：安裝這些插件需要先安裝 node，并將node添加到環(huán)境變量中。安裝時(shí)請注意node版本

2.1、toc

這是一個(gè)目錄插件，安裝后就能很方便地在Lab上展示notebook或者markdown的目錄。目錄可以滾動(dòng)，并且能展示或隱藏子目錄。

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/jupyterlab/jupyterlab-toc

2.2、LaTeX

支持在線編輯并預(yù)覽LaTeX文檔。

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/jupyterlab/jupyterlab-latex

2.3、drawio

可以在Lab中啟用drawio繪圖工具，是一款非常棒的流程圖工具。

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/QuantStack/jupyterlab-drawio

2.4、variableinspector

該插件可以在Lab中展示代碼中的變量及其屬性，類似RStudio中的變量檢查器。

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/lckr/jupyterlab-variableInspector

2.5、go to Definition

該插件用于在Lab筆記本和文件編輯器中跳轉(zhuǎn)到變量或函數(shù)的定義。

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/krassowski/jupyterlab-go-to-definition

2.6、lsp

該插件用于自動(dòng)補(bǔ)全、參數(shù)建議、函數(shù)文檔查詢、跳轉(zhuǎn)定義等。

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/krassowski/jupyterlab-lsp

2.7 spreadsheet

該插件用于在Lab上顯示excel表格，只讀

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/quigleyj97/jupyterlab-spreadsheet

2.8、debugger

可用于試調(diào)

condainstallxeus-python=0.8.0-cconda-forgejupyterlabextensioninstall@jupyterlab/debugger

https://github.com/jupyterlab/debugger

2.9、matplotlib、dash、plotly等可交互式繪圖

幫助我們在notebook界面配合matplotlib實(shí)現(xiàn)交互式的作圖，只需要在繪圖之前執(zhí)行魔法命令%matplotlib widget

matplotlib：https://github.com/matplotlib/ipympl

plotly：https://github.com/plotly/plotly.py

2.10、kite

在jupyter lab使用kite代碼補(bǔ)全服務(wù)

https://github.com/kiteco/jupyterlab-kite

2、查看conda源，如何用conda查看鏡像源

軟件安裝是生信分析的基礎(chǔ)，除了掌握基本的軟件安裝理論外之后 (Linux - 命令運(yùn)行監(jiān)測和軟件安裝），就是去下載源碼安裝或使用包管理工具安裝通常操作都沒問題時(shí)，軟件卻怎么都裝不上，這一般都是網(wǎng)絡(luò)問題所以你需要一個(gè)能夠快速訪問的鏡像，下載快還不容易斷，今天小編就來說說關(guān)于如何用conda查看鏡像源?下面更多詳細(xì)答案一起來看看吧!

如何用conda查看鏡像源

軟件安裝是生信分析的基礎(chǔ)，除了掌握基本的軟件安裝理論外之后 (Linux - 命令運(yùn)行監(jiān)測和軟件安裝），就是去下載源碼安裝或使用包管理工具安裝。通常操作都沒問題時(shí)，軟件卻怎么都裝不上，這一般都是網(wǎng)絡(luò)問題。所以你需要一個(gè)能夠快速訪問的鏡像，下載快還不容易斷。

國內(nèi)的鏡像比較全的有清華鏡像 (https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)和阿里云鏡像 (https://developer.aliyun.com/mirror/)。下面以清華鏡像為例 (阿里云鏡像沒有conda)，展示下其操作。

Conda鏡像

Conda增加清華的鏡像，運(yùn)行下面的代碼 (后添加的通道優(yōu)先級(jí)更高)

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/mainconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/rconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/proconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

或直接把下面文字拷貝到 ~/.condarc中 (越靠前的優(yōu)先級(jí)越高)

channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

Python包管理工具 pip鏡像

可以每次安裝時(shí)加-i參數(shù) (或使用alias命令)。

注意，simple不能少, 是https而不是 http。

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple some-package

升級(jí) pip 到最新的版本 (>=10.0.0) 后進(jìn)行永久配置：

pip install pip -Upip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

R包安裝鏡像

CRAN和Bioconductor的鏡像

安裝前現(xiàn)運(yùn)行這幾句話，或把這幾句話放在~/.Rprofile或~/.Profile.site文件下 (Windows里面的路徑是C:\Program Files\R\R-3.6.1\etc)。

local({r <- getOption("repos")r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"options(repos=r)})options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

自動(dòng)安裝包

# 安裝BiocManagerif (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")# 獲取已安裝包a = rownames(installed.packages())install_package <- c("RColorBrewer", "gplots", "agricolae","optparse")# 判斷包是否存在，不存在則安裝for (i in install_package) { if (!i %in% a) BiocManager::install(i, update = F)}

如果是Github的包安裝起來比較慢，可以考慮在碼云（https://gitee.com/）注冊個(gè)賬戶，把`Github`的庫先克隆到碼云 （點(diǎn)擊幾下就可以實(shí)現(xiàn)，碼云的服務(wù)器訪問Github還是很快的），然后再下載到本地安裝即可。

HomeBrew

Mac下默認(rèn)的不少Linux命令如awk, sed，cat等與Linux下使用方式有些差別，通常需要安裝GNU系列的對應(yīng)命令來統(tǒng)一代碼操作?？梢酝ㄟ^brew安裝，但brew update過程默認(rèn)是極其的慢，也需要改一下鏡像。

安裝Brew

/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

配置鏡像

# brew 程序本身，Homebrew/Linuxbrew 相同git -C "$(brew --repo)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/brew.git# 索引的鏡像# 以下針對 mac OS 系統(tǒng)上的 Homebrewgit -C "$(brew --repo homebrew/core)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-core.gitgit -C "$(brew --repo homebrew/cask)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask.gitgit -C "$(brew --repo homebrew/cask-fonts)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask-fonts.gitgit -C "$(brew --repo homebrew/cask-drivers)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask-drivers.git# 更換后測試工作是否正常brew update# 軟件包的鏡像echo 'export HOMEBREW_BOTTLE_DOMAIN=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/homebrew-bottles' >> ~/.bash_profilesource ~/.bash_profile

安裝相應(yīng)的gnu系列工具

#brew install bashbrew install coreutilsbrew install gawkbrew install gnu-sed

其它鏡像

還有其它鏡像，如Perl的CPAN，Linux操作系統(tǒng)安裝包，Linux操作系統(tǒng)自帶包管理工具(yum/apt)的源，Docker鏡像等。

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